RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000497106.5

USP54-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, human

TSL 2

Gene USP54, Length 4,773 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP54-215	ENST00000497106	PMCHL1	Q16048	86 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	GTSF1	Q8WW33	167 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	CCDC168	Q8NDH2	2452 aa		6.27	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106		D6R8Y8	96 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	ZNF324	O75467	553 aa	Predicted RBP	6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	SERF1A	O75920	110 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	COA6	Q5JTJ3	125 aa	Known RBP	6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106		Q6ZN92	141 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	C16orf74	Q96GX8	76 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	XCL2	Q9UBD3	114 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	TEX48	A0A1B0GUV7	120 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106		K7EMI3	77 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	MUC21	A0A0G2JKD1	596 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	MUC21	A0A140T8X8	626 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	SNAI2	O43623	268 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	TRPT1	Q86TN4	253 aa	Known RBP	6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	TRGV2	A0A075B6R0	118 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	TRAV12-2	A0A075B6T6	113 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	NUDT3	O95989	172 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	PRB4	P10163	310 aa	Predicted RBP	6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	USP34	Q70CQ2	3546 aa		6.26	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	APRG1	Q8IVJ8	170 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	AMN1	Q8IY45	258 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	LINC00482	Q8N8I6	264 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	C20orf78	Q9BR46	151 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	ZNF747	Q9BV97	191 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	CR1	P17927	2039 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	HBD	P02042	147 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	ZNF80	P51504	273 aa	Predicted RBP	6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	ZNF876P	Q49A33	203 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	VAMP8	Q9BV40	100 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	COX11	Q9Y6N1	276 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	MRPL51	Q4U2R6	128 aa	Known RBP	6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	LINC00322	Q6ZN03	302 aa	Predicted RBP	6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	NIT1	Q86X76	327 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	ZNF256	Q9Y2P7	627 aa	Predicted RBP	6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	VAMP3	Q15836	100 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	TDRG1	Q3Y452	100 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	C18orf32	Q8TCD1	76 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	CFAP54	Q96N23	3096 aa		6.25	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	VCY	O14598	125 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	RIPPLY3	P57055	190 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	PRR31	Q5SQ13	230 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	PIK3CD-AS1	Q5SR53	167 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	GATD1	Q8NB37	220 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	MYO15A	Q9UKN7	3530 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	IGKV3D-20	A0A0C4DH25	116 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	PRSS1	P07477	247 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	CRIP1	P50238	77 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	C14orf178	Q8N769	122 aa	Predicted RBP	6.24	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	DSP	P15924	2871 aa	Known RBP	6.24	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	LINC00467	Q9BRT7	94 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	PRADC1	Q9BSG0	188 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	MUC3A	Q02505	3323 aa		6.24	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	TRGV1	A0A0A0MS02	117 aa		6.23	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	TNFRSF6B	O95407	300 aa		6.23	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106		Q8N8P6	123 aa		6.23	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	TMEM70	Q9BUB7	260 aa		6.23	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	CNFN	Q9BYD5	112 aa		6.23	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	SMIM9	A6NGZ8	99 aa		6.23	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	LAGE3	Q14657	143 aa		6.23	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	IGHV4-4	A0A075B6R2	117 aa		6.23	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	DGAT2L7P	Q6IED9	249 aa		6.23	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	GNRH2	O43555	120 aa		6.23	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	TMEM263	Q8WUH6	116 aa	Known RBP	6.23	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	RPL36A	P83881	106 aa	Known RBP	6.22	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	TMEM97	Q5BJF2	176 aa		6.22	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	KIR2DL5B	Q8NHK3	375 aa		6.22	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	RPL36AL	Q969Q0	106 aa	Known RBP	6.22	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	IGHV3-16	A0A0C4DH30	117 aa		6.22	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	HERVK_113	P61574	105 aa		6.22	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	DNAJC30	Q96LL9	226 aa		6.22	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	NOTCH2	Q04721	2471 aa		6.22	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	TRGV4	A0A0C4DH28	118 aa		6.22	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	AZU1	P20160	251 aa		6.22	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106		Q8N1Y9	231 aa		6.22	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	CYSLTR1	Q9Y271	337 aa		6.22	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	HNRNPA3	P51991	378 aa	Known RBP	6.22	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	ABCA2	Q9BZC7	2435 aa		6.22	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	CRYBA4	P53673	196 aa		6.21	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	FAM19A4	Q96LR4	140 aa		6.21	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	CITED1	Q99966	193 aa		6.21	□□□□□ -1.41
USP54-215	ENST00000497106	UBE2L6	O14933	153 aa		6.21	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	EVI2A	P22794	236 aa		6.21	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	SUMO2	P61956	95 aa	Known RBP	6.21	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	NCR2	O95944	276 aa		6.21	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	ODF3L2	Q3SX64	289 aa		6.21	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	UQCR10	Q9UDW1	63 aa		6.21	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	ESD	P10768	282 aa		6.2	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	GDF5OS	Q5U4N7	250 aa		6.2	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	DMXL2	Q8TDJ6	3036 aa		6.2	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	BORCS8-MEF2B	H3BNR1	382 aa	Predicted RBP	6.2	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	EDN2	P20800	178 aa		6.2	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	DEFB1	P60022	68 aa		6.2	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	CKS1B	P61024	79 aa		6.2	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	BEAN1	Q3B7T3	259 aa		6.2	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	LGALS9B	Q3B8N2	356 aa		6.2	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	PTH2	Q96A98	100 aa		6.2	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	SCGB3A1	Q96QR1	104 aa		6.2	□□□□□ -1.42
USP54-215	ENST00000497106	SMIM2	Q9BVW6	85 aa		6.2	□□□□□ -1.42

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 32.2 ms