RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555022.5

SYNE2-217, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE2, Length 3,396 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-217	ENST00000555022	GOLGA5	Q8TBA6	731 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	PUS3	Q9BZE2	481 aa	Known RBP	10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	PAG1	Q9NWQ8	432 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	JRKL	Q9Y4A0	524 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	SOCS7	O14512	581 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	TXLNA	P40222	546 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	FBXW10	Q5XX13	1052 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	VPS37D	Q86XT2	251 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	FAM212A	Q96EL1	285 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	SERTAD1	Q9UHV2	236 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	ARHGEF10	O15013	1369 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		10.17	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	DLC1	Q96QB1	1528 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	IFIT1	P09914	478 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	NOP2	P46087	812 aa	Known RBP	10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	LINS1	Q8NG48	757 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	KCNG4	Q8TDN1	519 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	SLC26A6	Q9BXS9	759 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	ANKZF1	Q9H8Y5	726 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	RTEL1	Q9NZ71	1219 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	AMOTL2	Q9Y2J4	779 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	MAST3	O60307	1309 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	ARHGAP6	O43182	974 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	ADORA1	P30542	326 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	CCT5	P48643	541 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	ATP2B2	Q01814	1243 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	RBL2	Q08999	1139 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	TAF7L	Q5H9L4	462 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	PPFIBP1	Q86W92	1011 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	TC2N	Q8N9U0	490 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	OSBP2	Q969R2	916 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	TEX13A	Q9BXU3	409 aa	Predicted RBP	10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	VPS16	Q9H269	839 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	SBNO1	A3KN83	1393 aa		10.16	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	LRRIQ3	A6PVS8	624 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	CBFA2T2	O43439	604 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	KIF5C	O60282	957 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	GIGYF1	O75420	1035 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	MAP3K9	P80192	1104 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	PLEKHO1	Q53GL0	409 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	ICE2	Q659A1	982 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	CENPH	Q9H3R5	247 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	NEDD4	P46934	1319 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	ZPR1	O75312	459 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	LTK	P29376	864 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	KIF23	Q02241	960 aa	Predicted RBP	10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	CASP8	Q14790	479 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	KRT40	Q6A162	431 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	IGSF22	Q8N9C0	903 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	KCNH3	Q9ULD8	1083 aa		10.15	□□□□□ -0.78
SYNE2-217	ENST00000555022	EPB41L2	O43491	1005 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	DDX58	O95786	925 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	CASP14	P31944	242 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	SLC9C2	Q5TAH2	1124 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	TMEM139	Q8IV31	216 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	CAGE1	Q8TC20	777 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	NUP133	Q8WUM0	1156 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	KIFC2	Q96AC6	838 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	TSPYL1	Q9H0U9	437 aa		10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	USP42	Q9H9J4	1324 aa	Known RBP	10.15	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	USP6	P35125	1406 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022		A0A1B0GUL7	405 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	FAM205C	A6NFA0	338 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	NEURL1B	A8MQ27	555 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022		B4E1Z4	1266 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	CUTA	O60888	179 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	MNAT1	P51948	309 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	PTPN12	Q05209	780 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	LRRC31	Q6UY01	552 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	BLZF1	Q9H2G9	400 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	SMARCAL1	Q9NZC9	954 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	PEAK1	Q9H792	1746 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	DIP2B	Q9P265	1576 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	BTBD18	B2RXH4	712 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	RNF40	O75150	1001 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	CCDC175	P0C221	793 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	TRDN	Q13061	729 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	NR5A1	Q13285	461 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	GCKR	Q14397	625 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	CCDC102B	Q68D86	513 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	SECISBP2L	Q93073	1101 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	MPHOSPH8	Q99549	860 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	CCP110	O43303	1012 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	ATP2C2	O75185	946 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	NOM1	Q5C9Z4	860 aa	Known RBP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	SPECC1L	Q69YQ0	1117 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	HDX	Q7Z353	690 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	KBTBD3	Q8NAB2	608 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	RABGGTA	Q92696	567 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	GNL3	Q9BVP2	549 aa	Known RBP eCLIP	10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	MAN1B1	Q9UKM7	699 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	MTMR7	Q9Y216	660 aa		10.14	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	IDH1	O75874	414 aa	Known RBP	10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	SCARF1	Q14162	830 aa		10.13	□□□□□ -0.79
SYNE2-217	ENST00000555022	BEND6	Q5SZJ8	279 aa	Predicted RBP	10.13	□□□□□ -0.79

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