RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV2-5	P01817	119 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	NPS	P0C0P6	89 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	PSG1	P11464	419 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	TEX38	Q6PEX7	206 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	CST9L	Q9H4G1	147 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAV8-2	A0A0B4J237	113 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXL1	Q12952	345 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC25A48	Q6ZT89	311 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	SBF1	O95248	1867 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	TYMS	P04818	313 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	KIR3DL3	Q8N743	410 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	KLHL30-AS1	Q8NEE0	82 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	OR9G4	Q8NGQ1	327 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	RNASE7	Q9H1E1	156 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	PIP4P2	Q8N4L2	257 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	CHCHD1	Q96BP2	118 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	KLHDC3	Q9BQ90	382 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	GTSF1L	Q9H1H1	148 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	BUB1B-PAK6	H3BSN5	160 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	PPIF	P30405	207 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	C5orf64	Q2M2E5	130 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	GAGE13	Q4V321	117 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	SPSB3	Q6PJ21	355 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	SCN8A	Q9UQD0	1980 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	RIF1	Q5UIP0	2472 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A1W2PRE2	83 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	LILRA1	O75019	489 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	RPL15	P61313	204 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	CHCHD5	Q9BSY4	110 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	WFDC1	Q9HC57	220 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF114	Q9Y508	228 aa		10.79	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	ID3	Q02535	119 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	EFNB3	Q15768	340 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	NDUFA3	O95167	84 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	C1QTNF9	P0C862	333 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	LCNL1	Q6ZST4	164 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	OSTC	Q9NRP0	149 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	NHP2	Q9NX24	153 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	CACNA1B	Q00975	2339 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447		E7EQL1	145 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF329	Q86UD4	541 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	THSD7B	Q9C0I4	1608 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	RPL35A	P18077	110 aa	Known RBP	10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	GAGE2B	Q13066	116 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	GAGE2E	Q4V326	116 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	C10orf91	Q5T1B1	145 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	LHFPL4	Q7Z7J7	247 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	GAGE2D	Q9UEU5	116 aa		10.78	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	ARHGEF17	Q96PE2	2063 aa	Predicted RBP	10.77	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	TRBV7-1	A0A0A6YYK4	115 aa		10.77	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	TRBV7-9	A0A0J9YWB2	115 aa		10.77	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447		J3QKU1	62 aa		10.77	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	AGMAT	Q9BSE5	352 aa		10.77	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	PNRC2	Q9NPJ4	139 aa	Known RBP	10.77	□□□□□ -0.68
PTPRF-215	ENST00000496447	RBMY1B	A6NDE4	496 aa	Known RBP	10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	RBMY1E	A6NEQ0	496 aa	Known RBP	10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	CD5L	O43866	347 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	RBMY1D	P0C7P1	496 aa	Known RBP	10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	RBMY1A1	P0DJD3	496 aa	Known RBP	10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	RBMY1C	P0DJD4	496 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM155	Q4W5P6	130 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	POLR3K	Q9Y2Y1	108 aa	Predicted RBP	10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447		H0YJW9	148 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	LYPD2	Q6UXB3	125 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF479	Q96JC4	524 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	GFI1	Q99684	422 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	PRADC1	Q9BSG0	188 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	WDR83OS	Q9Y284	106 aa		10.77	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAV5	A0A0B4J249	113 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	COL6A6	A6NMZ7	2263 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF688	P0C7X2	276 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	USMG5	Q96IX5	58 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	PRB4	P10163	310 aa	Predicted RBP	10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	SAA4	P35542	130 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	KLF17	Q5JT82	389 aa	Predicted RBP	10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF166	Q96A37	237 aa	Predicted RBP	10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF48	Q96MX3	618 aa	Predicted RBP	10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	SEPSECS	Q9HD40	501 aa	Known RBP	10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	MSMB	P08118	114 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	RCHY1	Q96PM5	261 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	DPH3P1	Q9H4G8	78 aa		10.76	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	IGKV1D-17	A0A075B6S4	117 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	PMS2P5	A8MQ11	134 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	IGKV2-40	A0A087WW87	121 aa	Predicted RBP	10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	IGKV2D-40	P01614	121 aa	Predicted RBP	10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	TREML4	Q6UXN2	200 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	NDP	Q00604	133 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	SRSF1	Q07955	248 aa	Known RBP eCLIP	10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM249	Q2WGJ8	235 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	CD28	P10747	220 aa		10.75	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	C5orf63	A6NC05	138 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	ADARB2-AS1	A8MUL3	147 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447		A8MWV9	139 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	LYL1	P12980	280 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM256	Q8N2U0	113 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A087WX48	190 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	CDKN1B	P46527	198 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	MPV17L2	Q567V2	206 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447		Q96MF0	132 aa		10.74	□□□□□ -0.69
PTPRF-215	ENST00000496447	SCRT1	Q9BWW7	348 aa		10.74	□□□□□ -0.69

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 118.6 ms