RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	OR52L1	Q8NGH7	329 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OR13C2	Q8NGS9	318 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TEX47	Q8TBZ9	253 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CYGB	Q8WWM9	190 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TUBA1C	Q9BQE3	449 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ADI1	Q9BV57	179 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TAPBPL	Q9BX59	468 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	GABARAPL3	Q9BY60	117 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OR11A1	Q9GZK7	315 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TOR3A	Q9H497	397 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	FKRP	Q9H9S5	495 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TBC1D23	Q9NUY8	699 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	GALNT8	Q9NY28	637 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	MRPS18C	Q9Y3D5	142 aa	Known RBP	10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CDH10	Q9Y6N8	788 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CUBN	O60494	3623 aa		10.83	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CHD3	Q12873	2000 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ZC3H12D	A2A288	527 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	LINC01387	J3KSC0	135 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	KLF4	O43474	513 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OR2T1	O43869	369 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ZIC3	O60481	467 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	RCBTB2	O95199	551 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SNAP29	O95721	258 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CH25H	O95992	272 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	MT-ATP6	P00846	226 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OSM	P13725	252 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CPN1	P15169	458 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	MAK	P20794	623 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	NKX6-1	P78426	367 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	EGR4	Q05215	589 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	MFSD13A	Q14CX5	517 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SF3B4	Q15427	424 aa	Known RBP eCLIP	10.82	□□□□□ -0.68	3e-10	■■■■■ 45.2
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF74	Q16587	644 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM44	Q2T9K0	475 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ZIK1	Q3SY52	487 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ANKRD34A	Q69YU3	496 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CD300LD	Q6UXZ3	194 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	RASSF6	Q6ZTQ3	369 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TMPRSS11F	Q6ZWK6	438 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC46A3	Q7Z3Q1	461 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	LUZP2	Q86TE4	346 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	LSR	Q86X29	649 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	DHRSX	Q8N5I4	330 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	KTI12	Q96EK9	354 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	KLHL15	Q96M94	604 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	DACH2	Q96NX9	599 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OR5B2	Q96R09	309 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	RBM24	Q9BX46	236 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ASPN	Q9BXN1	380 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	NANS	Q9NR45	359 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	BEX4	Q9NWD9	120 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF229	Q9UJW7	825 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	HDGFL3	Q9Y3E1	203 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF337	Q9Y3M9	751 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	AP4B1	Q9Y6B7	739 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CSPG4	Q6UVK1	2322 aa		10.82	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	MXRA5	Q9NR99	2828 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	COL6A5	A8TX70	2615 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CR1	P17927	2039 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TRAV27	A0A087WT01	109 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SH3D21	A4FU49	640 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CDC42EP2	O14613	210 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SIAH2	O43255	324 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SEC14L5	O43304	696 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	NPIPB7	O75200	414 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ACTL6A	O96019	429 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	HIST1H2AB	P04908	130 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	IL11	P20809	199 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CHM	P24386	653 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	POU1F1	P28069	291 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CAPG	P40121	348 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CLK1	P49759	484 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	GFRA1	P56159	465 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	ESRRG	P62508	458 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	RAC1	P63000	192 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC36A3	Q495N2	470 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CLEC9A	Q6UXN8	241 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	HIST3H2A	Q7L7L0	130 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OAF	Q86UD1	273 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CIART	Q8N365	385 aa	Predicted RBP	10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CLDN22	Q8N7P3	220 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	OR6S1	Q8NH40	331 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	HIST1H2AC	Q93077	130 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC25A36	Q96CQ1	311 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	DNAJA3	Q96EY1	480 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	UCN2	Q96RP3	112 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	MBOAT4	Q96T53	435 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	PTDSS2	Q9BVG9	487 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	SFXN3	Q9BWM7	321 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	POTEKP	Q9BYX7	375 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	PRRG3	Q9BZD7	231 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CLCF1	Q9UBD9	225 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	RAB26	Q9ULW5	256 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	CORIN	Q9Y5Q5	1042 aa		10.81	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	LRRN3	E7EW58	273 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	TNFSF13	O75888	250 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	BGLAP	P02818	100 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	HEXA	P06865	529 aa		10.8	□□□□□ -0.68
PTPRF-208	ENST00000437607	FUT1	P19526	365 aa		10.8	□□□□□ -0.68

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