RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	GUSBP11	Q6P575	273 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ULK3	Q6PHR2	472 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	TSSK4	Q6SA08	328 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	GDPGP1	Q6ZNW5	385 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	TUBA1A	Q71U36	451 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	TMPRSS9	Q7Z410	1059 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	HMGN2P46	Q86SG4	172 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	LNX2	Q8N448	690 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	STX19	Q8N4C7	294 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	DTX3	Q8N9I9	347 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF485	Q8NCK3	441 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ZBTB44	Q8NCP5	570 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	OR2T33	Q8NG76	320 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	OR4N2	Q8NGD1	307 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	OR1N1	Q8NGS0	311 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	OR4Q3	Q8NH05	313 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	TBC1D15	Q8TC07	691 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	DYNC2LI1	Q8TCX1	351 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC2A12	Q8TD20	617 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM255B	Q8WV15	326 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	DNAJA4	Q8WW22	397 aa	Predicted RBP	5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	HSPBAP1	Q96EW2	488 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM80	Q96HE8	168 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	LCOR	Q96JN0	433 aa	Predicted RBP	5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF582	Q96NG8	517 aa	Predicted RBP	5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC38A2	Q96QD8	506 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	TEX12	Q9BXU0	123 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	VN1R1	Q9GZP7	353 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC90B	Q9GZT6	254 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	LRRN3	Q9H3W5	708 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	LIN28A	Q9H9Z2	209 aa	Known RBP	5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM27	Q9HBJ8	222 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	PALMD	Q9NP74	551 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	UBQLN4	Q9NRR5	601 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	MRTO4	Q9UKD2	239 aa	Known RBP	5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	AKAP8L	Q9ULX6	646 aa	Known RBP eCLIP	5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC7A7	Q9UM01	511 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SIGLEC7	Q9Y286	467 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	EXOG	Q9Y2C4	368 aa	Known RBP	5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	NTNG1	Q9Y2I2	539 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	MED31	Q9Y3C7	131 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	PCDHGB2	Q9Y5G2	931 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CACNA1E	Q15878	2313 aa		5.07	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A087WUJ7	227 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	NPIPA5	A0A0B4J1W7	369 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A1W2PQ72	361 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	UNC119B	A6NIH7	251 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	NPIPA7	E9PJI5	369 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247		M0R129	80 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247		M0R3G1	203 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ADAM10	O14672	748 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	TLX2	O43763	284 aa	Predicted RBP	5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	HCN1	O60741	890 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	FZD7	O75084	574 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CLPX	O76031	633 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	RCBTB2	O95199	551 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	IL18BP	O95998	194 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	BCL10	O95999	233 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	IFNA16	P05015	189 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	GP1BA	P07359	652 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	TSPAN19	P0C672	248 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	GKN3P	P0CG01	181 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	NPIPA8	P0DM63	369 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	APEH	P13798	732 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CD36	P16671	472 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	NAGA	P17050	411 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	MAK	P20794	623 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	PSMB9	P28065	219 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	HTR1F	P30939	366 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	OR1D4	P47884	311 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC6A8	P48029	635 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC9A3	P48764	834 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	RGS6	P49758	472 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	DUSP3	P51452	185 aa	Predicted RBP	5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	NUDT6	P53370	316 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	RPS4X	P62701	263 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	HOXC5	Q00444	222 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ZFP36L1	Q07352	338 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	KHDRBS1	Q07666	443 aa	Known RBP eCLIP	5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ACSM1	Q08AH1	577 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	MLLT11	Q13015	90 aa	Predicted RBP	5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SRSF5	Q13243	272 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	DCTN2	Q13561	401 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ERV3-1	Q14264	604 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SPCS2	Q15005	226 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SNAPC1	Q16533	368 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	TIMM50	Q3ZCQ8	353 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ANKDD1A	Q495B1	522 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	ARHGAP40	Q5TG30	622 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	NXNL2	Q5VZ03	156 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	KIRREL2	Q6UWL6	708 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	RRM2B	Q7LG56	351 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CROCCP3	Q8IVE0	287 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	C9orf40	Q8IXQ3	194 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC34A3	Q8N130	599 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	CYP4Z2P	Q8N1L4	340 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	IQCF1	Q8N6M8	205 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	NANOGP1	Q8N7R0	232 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247	TCEANC	Q8N8B7	351 aa		5.06	□□□□□ -1.6
ATG4A-208	ENST00000489247		Q8N9G6	341 aa	Predicted RBP	5.06	□□□□□ -1.6

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