RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, human

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP40-215	ENST00000484528	C3orf67	Q6ZVT6	689 aa		28.18	■■■□□ 2.1
USP40-215	ENST00000484528	LAMB2	P55268	1798 aa		28.17	■■■□□ 2.1
USP40-215	ENST00000484528	COPS6	Q7L5N1	327 aa		28.17	■■■□□ 2.1
USP40-215	ENST00000484528	SLC51A	Q86UW1	340 aa		28.17	■■■□□ 2.1
USP40-215	ENST00000484528	RTKN2	Q8IZC4	609 aa		28.17	■■■□□ 2.1
USP40-215	ENST00000484528	XAGE3	Q8WTP9	111 aa		28.17	■■■□□ 2.1
USP40-215	ENST00000484528	PPP1R42	Q7Z4L9	355 aa		28.16	■■■□□ 2.1
USP40-215	ENST00000484528	SNED1	Q8TER0	1413 aa		28.16	■■■□□ 2.1
USP40-215	ENST00000484528	PARP10	Q53GL7	1025 aa		28.15	■■■□□ 2.1
USP40-215	ENST00000484528	ZNF541	Q9H0D2	1346 aa		28.15	■■■□□ 2.1
USP40-215	ENST00000484528	SCN4A	P35499	1836 aa		28.14	■■■□□ 2.1
USP40-215	ENST00000484528	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	28.14	■■■□□ 2.1
USP40-215	ENST00000484528	SYNE4	Q8N205	404 aa		28.14	■■■□□ 2.1
USP40-215	ENST00000484528	CHPF2	Q9P2E5	772 aa		28.14	■■■□□ 2.1
USP40-215	ENST00000484528	POTEI	P0CG38	1075 aa		28.13	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	POTEJ	P0CG39	1038 aa		28.13	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	28.13	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	IARS	P41252	1262 aa	Known RBP	28.13	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	UTP14A	Q9BVJ6	771 aa	Known RBP	28.13	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	DDX21	Q9NR30	783 aa	Known RBP eCLIP	28.13	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	ZNF428	Q96B54	188 aa		28.12	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	KLRG1	Q96E93	195 aa		28.12	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	28.12	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	HDGFL1	Q5TGJ6	251 aa		28.11	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	COL4A5	P29400	1685 aa		28.1	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	28.1	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	TAF1	P21675	1872 aa		28.09	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	APAF1	O14727	1248 aa		28.09	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	NLRP10	Q86W26	655 aa		28.09	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	NLRP3	Q96P20	1036 aa		28.09	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		28.09	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	PSMD1	Q99460	953 aa		28.09	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	HSP90AB3P	Q58FF7	597 aa		28.08	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	CFAP44	Q96MT7	982 aa		28.08	■■■□□ 2.09
USP40-215	ENST00000484528	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		28.07	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	L3MBTL3	Q96JM7	780 aa	Predicted RBP	28.07	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	MBIP	Q9NS73	344 aa		28.07	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	IQCA1L	A6NCM1	817 aa		28.06	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	HCLS1	P14317	486 aa	Predicted RBP	28.06	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	TCIRG1	Q13488	830 aa		28.06	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	CHADL	Q6NUI6	762 aa		28.06	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	ABCC4	O15439	1325 aa		28.05	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	SLC10A5	Q5PT55	438 aa		28.05	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	DUSP27	Q5VZP5	1158 aa		28.05	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	DDX60	Q8IY21	1712 aa	Known RBP	28.05	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	TAF1D	Q9H5J8	278 aa	Predicted RBP	28.05	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	TRMT112	Q9UI30	125 aa	Known RBP	28.05	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	RNF123	Q5XPI4	1314 aa		28.04	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	FZD9	O00144	591 aa		28.04	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	HOXB7	P09629	217 aa		28.04	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	JDP2	Q8WYK2	163 aa		28.04	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	DBF4	Q9UBU7	674 aa	Predicted RBP	28.03	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	EAPP	Q56P03	285 aa	Predicted RBP	28.02	■■■□□ 2.08
USP40-215	ENST00000484528	SH3TC1	Q8TE82	1336 aa		28.01	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	ZNF853	P0CG23	659 aa		28.01	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	CCDC184	Q52MB2	194 aa		28.01	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	LARGE2	Q8N3Y3	721 aa		28.01	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	JMY	Q8N9B5	988 aa		28.01	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	PLBD2	Q8NHP8	589 aa		28.01	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	HACL1	Q9UJ83	578 aa		28.01	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	ELL2	O00472	640 aa	Predicted RBP	28	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	ANKRD13D	Q6ZTN6	518 aa		28	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	GJA3	Q9Y6H8	435 aa		28	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	ADAMTSL1	Q8N6G6	1762 aa		27.99	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	ATP5J2-PTCD1	G3V325	749 aa		27.99	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	LDHD	Q86WU2	507 aa		27.99	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	IFT57	Q9NWB7	429 aa		27.99	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	ATP6V0A2	Q9Y487	856 aa		27.99	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	LTBP1	Q14766	1721 aa		27.98	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	EPHX2	P34913	555 aa		27.98	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	EIF6	P56537	245 aa	Known RBP	27.98	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	GNAI1	P63096	354 aa		27.98	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	GRIPAP1	Q4V328	841 aa		27.98	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	GPC2	Q8N158	579 aa		27.98	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	TMX4	Q9H1E5	349 aa	Predicted RBP	27.98	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	HYPK	Q9NX55	129 aa		27.98	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	PPIP5K2	O43314	1243 aa		27.97	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	IFFO2	Q5TF58	517 aa		27.97	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	CLEC11A	Q9Y240	323 aa		27.97	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	PCNT	O95613	3336 aa		27.97	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	27.96	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	AOC3	Q16853	763 aa		27.96	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	DDX46	Q7L014	1031 aa	Known RBP	27.96	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	ISCA1	Q9BUE6	129 aa		27.96	■■■□□ 2.07
USP40-215	ENST00000484528	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	27.95	■■■□□ 2.06
USP40-215	ENST00000484528	FAM89A	Q96GI7	184 aa		27.95	■■■□□ 2.06
USP40-215	ENST00000484528	NIM1K	Q8IY84	436 aa		27.94	■■■□□ 2.06
USP40-215	ENST00000484528	PHAX	Q9H814	394 aa	Known RBP	27.94	■■■□□ 2.06
USP40-215	ENST00000484528	LRRC37A	A6NMS7	1700 aa		27.93	■■■□□ 2.06
USP40-215	ENST00000484528	C8orf58	Q8NAV2	365 aa		27.93	■■■□□ 2.06
USP40-215	ENST00000484528	COL4A1	P02462	1669 aa		27.93	■■■□□ 2.06
USP40-215	ENST00000484528	BBOX1	O75936	387 aa		27.92	■■■□□ 2.06
USP40-215	ENST00000484528	GRAP	Q13588	217 aa		27.92	■■■□□ 2.06
USP40-215	ENST00000484528	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	27.92	■■■□□ 2.06
USP40-215	ENST00000484528	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	27.92	■■■□□ 2.06
USP40-215	ENST00000484528	PASK	Q96RG2	1323 aa		27.92	■■■□□ 2.06
USP40-215	ENST00000484528	RIC3	Q7Z5B4	369 aa		27.91	■■■□□ 2.06
USP40-215	ENST00000484528	SP8	Q8IXZ3	490 aa		27.91	■■■□□ 2.06
USP40-215	ENST00000484528	CREBZF	Q9NS37	354 aa		27.91	■■■□□ 2.06
USP40-215	ENST00000484528	MKRN1	Q9UHC7	482 aa	Known RBP	27.91	■■■□□ 2.06

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