RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428064.5

LIMS1-208, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 2

Gene LIMS1, Length 637 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-208ENST00000428064 RPGRQ92834 1020 aaKnown RBP27.45■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 ADAMTS8Q9UP79 889 aa27.45■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 NEUROD2Q15784 382 aa27.44■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 GRIPAP1Q4V328 841 aa27.44■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 OLFM4Q6UX06 510 aa27.44■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 JMYQ8N9B5 988 aa27.44■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF277Q9NRM2 450 aaPredicted RBP27.44■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 IQCA1LA6NCM1 817 aa27.43■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 HOXB7P09629 217 aa27.43■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 HTRA3P83110 453 aa27.43■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 HSP90AB3PQ58FF7 597 aa27.43■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 CRAMP1Q96RY5 1269 aa27.43■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 DDX21Q9NR30 783 aaKnown RBP eCLIP27.43■■□□□ 1.982e-8■■■■■ 34.1
LIMS1-208ENST00000428064 IARSP41252 1262 aaKnown RBP27.42■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 RBM17Q96I25 401 aaKnown RBP27.42■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 ANXA1P04083 346 aa27.41■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 SLC10A5Q5PT55 438 aa27.41■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 FZD9O00144 591 aa27.4■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 COPS6Q7L5N1 327 aa27.4■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 SYNE4Q8N205 404 aa27.4■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 UTP14AQ9BVJ6 771 aaKnown RBP27.4■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 IFFO2Q5TF58 517 aa27.39■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 CFAP44Q96MT7 982 aa27.39■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 NLRP3Q96P20 1036 aa27.39■■□□□ 1.98
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF541Q9H0D2 1346 aa27.39■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 LAMB2P55268 1798 aa27.38■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 KRT24Q2M2I5 525 aa27.38■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 CHADLQ6NUI6 762 aa27.38■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 XAGE3Q8WTP9 111 aa27.38■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 C3orf67Q6ZVT6 689 aa27.37■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 ADAMTSL1Q8N6G6 1762 aa27.36■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 PPEF1O14829 653 aaPredicted RBP27.36■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 NLRP10Q86W26 655 aa27.36■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 NECTIN2Q92692 538 aa27.36■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 TAF1DQ9H5J8 278 aaPredicted RBP27.36■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 LAS1LQ9Y4W2 734 aaKnown RBP27.36■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 PCNTO95613 3336 aa27.36■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 TCIRG1Q13488 830 aa27.35■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 HDGFL1Q5TGJ6 251 aa27.35■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 LDHDQ86WU2 507 aa27.35■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 CHPF2Q9P2E5 772 aa27.35■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 COL4A5P29400 1685 aa27.35■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 AIMP1Q12904 312 aaKnown RBP27.34■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 GPC2Q8N158 579 aa27.34■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 JDP2Q8WYK2 163 aa27.34■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 POTEIP0CG38 1075 aa27.33■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 POTEJP0CG39 1038 aa27.33■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 DBF4Q9UBU7 674 aaPredicted RBP27.33■■□□□ 1.97
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF853P0CG23 659 aa27.32■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 HACL1Q9UJ83 578 aa27.32■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 PLBD2Q8NHP8 589 aa27.31■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 VPS33BQ9H267 617 aa27.31■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 MBIPQ9NS73 344 aa27.31■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 ATP6V0A2Q9Y487 856 aa27.31■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 ABCC4O15439 1325 aa27.31■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 SH3TC1Q8TE82 1336 aa27.31■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 CALD1Q05682 793 aaKnown RBP27.3■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 CREBZFQ9NS37 354 aa27.3■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 DDX60Q8IY21 1712 aaKnown RBP27.3■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 TMX4Q9H1E5 349 aaPredicted RBP27.29■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 IFT57Q9NWB7 429 aa27.29■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 HYPKQ9NX55 129 aa27.29■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 TRMT112Q9UI30 125 aaKnown RBP27.29■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 PASKQ96RG2 1323 aa27.28■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 APAF1O14727 1248 aa27.28■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 EPHX2P34913 555 aa27.28■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 EIF6P56537 245 aaKnown RBP27.28■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 DUSP27Q5VZP5 1158 aa27.28■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 PNMA8AQ86V59 439 aaPredicted RBP27.28■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 BBOX1O75936 387 aa27.27■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 ANKRD13DQ6ZTN6 518 aa27.27■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 LARGE2Q8N3Y3 721 aa27.27■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 LRRC37AA6NMS7 1700 aa27.27■■□□□ 1.96
LIMS1-208ENST00000428064 GNAI1P63096 354 aa27.26■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 SLC51AQ86UW1 340 aa27.26■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 ISCA1Q9BUE6 129 aa27.26■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 RTFDC1Q9BY42 306 aaPredicted RBP27.26■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 LTBP1Q14766 1721 aa27.25■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 HCLS1P14317 486 aaPredicted RBP27.25■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 SP8Q8IXZ3 490 aa27.25■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 SUPT20HQ8NEM7 779 aa27.24■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 TCERG1O14776 1098 aaKnown RBP27.23■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 TRIM28Q13263 835 aaKnown RBP27.23■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 GRAPQ13588 217 aa27.23■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 EAPPQ56P03 285 aaPredicted RBP27.23■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 DDX46Q7L014 1031 aaKnown RBP27.23■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 TMC4Q7Z404 712 aa27.23■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 NIM1KQ8IY84 436 aa27.23■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 GRAPLQ8TC17 118 aaPredicted RBP27.23■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 ITGBL1O95965 494 aaPredicted RBP27.22■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 PPIP5K2O43314 1243 aa27.21■■□□□ 1.95
LIMS1-208ENST00000428064 AOC3Q16853 763 aa27.2■■□□□ 1.94
LIMS1-208ENST00000428064 DUOX1Q9NRD9 1551 aa27.19■■□□□ 1.94
LIMS1-208ENST00000428064 LMOD1P29536 600 aaPredicted RBP27.19■■□□□ 1.94
LIMS1-208ENST00000428064 SCNN1DP51172 638 aa27.19■■□□□ 1.94
LIMS1-208ENST00000428064 SF3B3Q15393 1217 aaKnown RBP27.19■■□□□ 1.94
LIMS1-208ENST00000428064 DPP8Q6V1X1 898 aaPredicted RBP27.19■■□□□ 1.94
LIMS1-208ENST00000428064 CHMP4AQ9BY43 222 aa27.19■■□□□ 1.94
LIMS1-208ENST00000428064 GJA3Q9Y6H8 435 aa27.19■■□□□ 1.94
LIMS1-208ENST00000428064 MPNDQ8N594 471 aa27.18■■□□□ 1.94
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