RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489554.1

SCAMP4-208, Transcript of secretory carrier membrane protein 4, human

TSL 3

Gene SCAMP4, Length 573 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SCAMP4-208	ENST00000489554	HEG1	Q9ULI3	1381 aa		13.94	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	GRIN3B	O60391	1043 aa		13.93	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		13.93	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		13.93	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	SIPA1L3	O60292	1781 aa	Predicted RBP	13.93	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	C4A	P0C0L4	1744 aa		13.93	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	ZPR1	O75312	459 aa		13.92	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	13.92	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	MCM10	Q7L590	875 aa		13.92	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	PLEKHF1	Q96S99	279 aa		13.92	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	SRP68	Q9UHB9	627 aa	Known RBP	13.92	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	ZBTB1	Q9Y2K1	713 aa		13.92	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	COL15A1	P39059	1388 aa		13.92	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	MAPK8IP3	Q9UPT6	1336 aa		13.91	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	YBX3	P16989	372 aa	Known RBP eCLIP	13.91	□□□□□ -0.18	3e-7	■■□□□ 11.4
SCAMP4-208	ENST00000489554	TGFB2	P61812	414 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	FKBP8	Q14318	412 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	13.9	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	NARF	Q9UHQ1	456 aa		13.9	□□□□□ -0.18
SCAMP4-208	ENST00000489554	C10orf71	Q711Q0	1435 aa		13.9	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554		A0A087WZG4	1122 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	DCTN1	Q14203	1278 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	TAF7	Q15545	349 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	NFE2L2	Q16236	605 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	USPL1	Q5W0Q7	1092 aa		13.89	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	KCNQ3	O43525	872 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	EIF5	P55010	431 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	UTRN	P46939	3433 aa		13.88	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	PXDNL	A1KZ92	1463 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	SNRPA1	P09661	255 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	TM4SF1	P30408	202 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	IL6ST	P40189	918 aa	Predicted RBP	13.87	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	DDR1	Q08345	913 aa		13.87	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	CHD4	Q14839	1912 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	KIF13B	Q9NQT8	1826 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	POLRMT	O00411	1230 aa	Known RBP	13.86	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		13.86	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	A1BG	P04217	495 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	ZNF784	Q8NCA9	323 aa	Predicted RBP	13.85	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	BCL2L12	Q9HB09	334 aa		13.85	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554		A0A0G2JLW4	131 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	NFIX	Q14938	502 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	RUNDC1	Q96C34	613 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	ZNF330	Q9Y3S2	320 aa	Predicted RBP	13.84	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	USP16	Q9Y5T5	823 aa		13.84	□□□□□ -0.19
SCAMP4-208	ENST00000489554	DPEP1	P16444	411 aa		13.83	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		13.83	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		13.83	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	DLG5	Q8TDM6	1919 aa		13.83	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		13.82	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	SENP3-EIF4A1	A0A087X0R7	540 aa		13.82	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	PRAMEF22	A3QJZ6	481 aa		13.82	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	13.82	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	RIPK4	P57078	832 aa		13.82	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	MIS18A	Q9NYP9	233 aa		13.82	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	TBC1D2B	Q9UPU7	963 aa		13.82	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	APAF1	O14727	1248 aa		13.81	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	SERPINB2	P05120	415 aa		13.81	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	DZIP3	Q86Y13	1208 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	THUMPD2	Q9BTF0	503 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	PIM2	Q9P1W9	311 aa		13.81	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	BCS1L	Q9Y276	419 aa		13.81	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	GOLGB1	Q14789	3259 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	SCN7A	Q01118	1682 aa		13.8	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	CAMTA2	O94983	1202 aa		13.8	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	EIF4A1	P60842	406 aa	Known RBP	13.8	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	BICDL1	Q6ZP65	573 aa		13.8	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	BABAM1	Q9NWV8	329 aa		13.8	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	KDM3B	Q7LBC6	1761 aa		13.79	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	N4BP2	Q86UW6	1770 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	RGL2	O15211	777 aa		13.79	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	GIGYF1	O75420	1035 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	KCNA3	P22001	575 aa		13.79	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	13.79	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	TBC1D9B	Q66K14	1250 aa		13.79	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	CLEC4G	Q6UXB4	293 aa		13.79	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	ZNF652	Q9Y2D9	606 aa		13.79	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	ZNF521	Q96K83	1311 aa		13.79	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		13.79	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	NRXN2	Q9P2S2	1712 aa		13.78	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	NBPF26	B4DH59	902 aa		13.78	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	PIP4K2A	P48426	406 aa	Predicted RBP	13.78	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	NCBP3	Q53F19	620 aa	Known RBP	13.78	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	DALRD3	Q5D0E6	543 aa	Known RBP	13.78	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	NBPF10	Q6P3W6	841 aa	Known RBP	13.78	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	NBPF15	Q8N660	670 aa		13.78	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	SETDB2	Q96T68	719 aa		13.78	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		13.78	□□□□□ -0.2
SCAMP4-208	ENST00000489554	CHRNA5	P30532	468 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SCAMP4-208	ENST00000489554	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		13.77	□□□□□ -0.21
SCAMP4-208	ENST00000489554	RRP7A	Q9Y3A4	280 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
SCAMP4-208	ENST00000489554	LAMB4	A4D0S4	1761 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SCAMP4-208	ENST00000489554	ADCY9	O60503	1353 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SCAMP4-208	ENST00000489554	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SCAMP4-208	ENST00000489554	NEUROD2	Q15784	382 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SCAMP4-208	ENST00000489554	PDZRN3	Q9UPQ7	1066 aa		13.76	□□□□□ -0.21
SCAMP4-208	ENST00000489554	AFDN	P55196	1824 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21

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