RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM83C	Q9BQN1	747 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SPHK2	Q9NRA0	654 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	B4GALT6	Q9UBX8	382 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	MON2	Q7Z3U7	1717 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF208	O43345	1280 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PCDHGA12	O60330	932 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	DSTN	P60981	165 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PRRT3	Q5FWE3	981 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CAMK1G	Q96NX5	476 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	STRADB	Q9C0K7	418 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	MOCS1	Q9NZB8	636 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PLAGL1	Q9UM63	463 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	MAN2B2	Q9Y2E5	1009 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PEX16	Q9Y5Y5	336 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SDC2	P34741	201 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	STAR	P49675	285 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	BCAP31	P51572	246 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GALNT2	Q10471	571 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PUM1	Q14671	1186 aa	Known RBP eCLIP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ELOC	Q15369	112 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZBED5	Q49AG3	693 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	AKIRIN2	Q53H80	203 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	NXPE1	Q8N323	547 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	OR6K6	Q8NGW6	343 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SETD6	Q8TBK2	473 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	C16orf70	Q9BSU1	422 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ARHGAP39	Q9C0H5	1083 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SDHAF3	Q9NRP4	125 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FARSB	Q9NSD9	589 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TAS2R1	Q9NYW7	299 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A075B6Q4	140 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SERPINA3	P01011	423 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	VLDLR	P98155	873 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	RASGEF1B	Q0VAM2	473 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CBR4	Q8N4T8	237 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CEP295NL	Q96MC4	621 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF38	Q9H0F5	515 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TVP23B	Q9NYZ1	205 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PCDHB3	Q9Y5E6	796 aa		12.8	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TCRBV7S3A2	A0A539	114 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PSMD9	O00233	223 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAPPC6A	O75865	159 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	POR	P16435	677 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	RPL6	Q02878	288 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GANAB	Q14697	944 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CARTPT	Q16568	116 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GPRC6A	Q5T6X5	926 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ERN2	Q76MJ5	926 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	DCUN1D3	Q8IWE4	304 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	OR5AK3P	Q8NH89	298 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ITPKC	Q96DU7	683 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	C11orf24	Q96F05	449 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	COL21A1	Q96P44	957 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	LDAH	Q9H6V9	325 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447		Q9N2J8	555 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SIX4	Q9UIU6	781 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CD2	P06729	351 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	DUSP3	P51452	185 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	KLF1	Q13351	362 aa	Predicted RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CMPK2	Q5EBM0	449 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GALNTL5	Q7Z4T8	443 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SIAH1	Q8IUQ4	282 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GHDC	Q8N2G8	530 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CLDN19	Q8N6F1	224 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM209	Q96SK2	561 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	NPY6R	Q99463	290 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ADAM7	Q9H2U9	754 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	OXSM	Q9NWU1	459 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SHPRH	Q149N8	1683 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PRKD3	O94806	890 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ARF5	P84085	180 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SNTA1	Q13424	505 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PCBP2	Q15366	365 aa	Known RBP eCLIP	12.79	□□□□□ -0.36	9e-9	■■■■■ 31
PTPRF-215	ENST00000496447	PDSS1	Q5T2R2	415 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	PIM3	Q86V86	326 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	LAPTM4B	Q86VI4	370 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC28A	Q8IWP9	274 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC5A11	Q8WWX8	675 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ELAC1	Q9H777	363 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ABCB9	Q9NP78	766 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447		A8MT66	165 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447		E7ENX8	843 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB8A	P61006	207 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC25A11	Q02978	314 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	KCTD8	Q6ZWB6	473 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF598	Q86UK7	904 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CAND1	Q86VP6	1230 aa	Known RBP	12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	LRTOMT	Q8WZ04	291 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	COQ8B	Q96D53	544 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	METTL7A	Q9H8H3	244 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	NKIRAS2	Q9NYR9	191 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	NOX1	Q9Y5S8	564 aa		12.79	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A0D9SEW6	157 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	HSFX4	A0A1B0GTS1	333 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	HSFX3	A0A1B0GWH4	333 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	LEFTY1	O75610	366 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	F7	P08709	466 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	FECH	P22830	423 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	GK	P32189	559 aa		12.78	□□□□□ -0.36
PTPRF-215	ENST00000496447	CDKN1C	P49918	316 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36

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