RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557428.1

PCNX1-215, Transcript of pecanex 1, human

TSL 4

Gene PCNX1, Length 541 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PCNX1-215	ENST00000557428	LOC102724428	A0A0B4J2F2	783 aa		11.33	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	CYP27B1	O15528	508 aa		11.33	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	SIK1	P57059	783 aa		11.33	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	PIGB	Q92521	554 aa		11.33	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	KLRG1	Q96E93	195 aa		11.33	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	11.33	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	C4A	P0C0L4	1744 aa		11.32	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	KCP	Q6ZWJ8	1503 aa		11.32	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	ATP6V1A	P38606	617 aa		11.32	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		11.32	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	C9orf131	Q5VYM1	1079 aa		11.32	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	RBM46	Q8TBY0	533 aa	Known RBP	11.32	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	TMOD3	Q9NYL9	352 aa		11.32	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	ARFGEF1	Q9Y6D6	1849 aa		11.32	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	FLT4	P35916	1363 aa		11.31	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	11.31	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	DPEP1	P16444	411 aa		11.31	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	ITPK1	Q13572	414 aa		11.31	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	CCDC87	Q9NVE4	849 aa		11.31	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	C10orf71	Q711Q0	1435 aa		11.31	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	INSR	P06213	1382 aa		11.3	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	PLEKHG2	Q9H7P9	1386 aa		11.3	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	11.3	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		11.3	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	TGFB2	P61812	414 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	TMF1	P82094	1093 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	RNF181	Q9P0P0	153 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	SPG7	Q9UQ90	795 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	RTCB	Q9Y3I0	505 aa	Known RBP	11.29	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	PARP3	Q9Y6F1	533 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	KDM2B	Q8NHM5	1336 aa		11.29	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	FSTL1	Q12841	308 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	TRAPPC3L	Q5T215	181 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	11.28	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	RRAGC	Q9HB90	399 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	TONSL	Q96HA7	1378 aa		11.28	□□□□□ -0.6
PCNX1-215	ENST00000557428	COL5A3	P25940	1745 aa	Predicted RBP	11.27	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	FYB1	O15117	783 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	PRELP	P51888	382 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	JMY	Q8N9B5	988 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	11.27	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		11.27	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	SBF1	O95248	1867 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	RFC4	P35249	363 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	PCNT	O95613	3336 aa		11.26	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	HSPA1A	P0DMV8	641 aa	Known RBP	11.25	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	HSPA1B	P0DMV9	641 aa	Known RBP	11.25	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	DALRD3	Q5D0E6	543 aa	Known RBP	11.25	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	SMC1B	Q8NDV3	1235 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	ARHGEF1	Q92888	912 aa	Known RBP	11.25	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	ATG3	Q9NT62	314 aa		11.25	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	TIAM2	Q8IVF5	1701 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	GYS1	P13807	737 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	11.24	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	IFNL2	Q8IZJ0	200 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	TESK2	Q96S53	571 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	PIM2	Q9P1W9	311 aa		11.24	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		11.23	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	PHKG2	P15735	406 aa		11.23	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	RASSF7	Q02833	373 aa		11.23	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	KDR	P35968	1356 aa		11.23	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		11.23	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	CCDC88A	Q3V6T2	1871 aa		11.23	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	MYH14	Q7Z406	1995 aa	Known RBP	11.23	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	MYCN	P04198	464 aa	Predicted RBP	11.22	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	CHRNA5	P30532	468 aa		11.22	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	DCAF5	Q96JK2	942 aa		11.22	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	SRP68	Q9UHB9	627 aa	Known RBP	11.22	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	ZNF831	Q5JPB2	1677 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	NCAPD2	Q15021	1401 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	KCNA3	P22001	575 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	SLC4A9	Q96Q91	983 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	EYA1	Q99502	592 aa		11.21	□□□□□ -0.61
PCNX1-215	ENST00000557428	CNTNAP4	Q9C0A0	1308 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	RPS6KA4	O75676	772 aa		11.2	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	TJP1	Q07157	1748 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	SLC24A1	O60721	1099 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	PTCD1	O75127	700 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	DDR1	Q08345	913 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	FKBP8	Q14318	412 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	RC3H1	Q5TC82	1133 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	AFDN	P55196	1824 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	CABP4	P57796	275 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	11.18	□□□□□ -0.62	3e-9	■■□□□ 11.5
PCNX1-215	ENST00000557428	USP42	Q9H9J4	1324 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	CRKL	P46109	303 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	ZNF530	Q6P9A1	599 aa	Predicted RBP	11.17	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	DLEC1	Q9Y238	1755 aa		11.17	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	ERVV-2	B6SEH9	535 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	VEGFA	P15692	232 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		11.16	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	MKRN1	Q9UHC7	482 aa	Known RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	KDM6A	O15550	1401 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	CACNA1S	Q13698	1873 aa		11.15	□□□□□ -0.62
PCNX1-215	ENST00000557428	GLTPD2	A6NH11	291 aa		11.15	□□□□□ -0.62

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