Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.7 ms