Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
VPS54Q9P1Q0 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 AP003041.3-201ENST00000527151 707 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
VPS54Q9P1Q0 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms