Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USF1P22415 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USF1P22415 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
USF1P22415 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
USF1P22415 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
USF1P22415 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
USF1P22415 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
USF1P22415 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
USF1P22415 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USF1P22415 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms