Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CCDC9Q9Y3X0 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CCDC9Q9Y3X0 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 137.1 ms