Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CHMP4AQ9BY43 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CHMP4AQ9BY43 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms