Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP3Q9Y3E7 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms