Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
CCDC87Q9NVE4 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC87Q9NVE4 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms