Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 TMEM53-205ENST00000372244 1472 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC42Q96M95 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms