Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP54Q70EL1 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.8 ms