Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 UBC-206ENST00000538617 1303 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.54□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC13.52□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.24
COL7A1Q02388 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC13.52□□□□□ -0.25
COL7A1Q02388 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
COL7A1Q02388 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
COL7A1Q02388 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
COL7A1Q02388 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
COL7A1Q02388 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
COL7A1Q02388 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms