Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
ZNF541Q9H0D2 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
ZNF541Q9H0D2 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms