Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms