Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 LINC01024-205ENST00000521563 939 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.54
USP53Q70EK8 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AC008691.1-203ENST00000515337 1580 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.9 ms