Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 PCCA-201ENST00000376279 2418 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
HOXA4Q00056 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.7 ms