Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 MUC12-202ENST00000379442 16737 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RPAP3-202ENST00000380650 2149 ntTSL 1 (best) BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MMP16-201ENST00000286614 11558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 Y_RNA.8-201ENST00000362353 102 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-704P-201ENST00000364162 103 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 SNORD113.2-201ENST00000364166 89 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 Z98749.2-208ENST00000381646 500 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-140P-201ENST00000384566 108 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MIR325-201ENST00000385260 98 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-1245P-201ENST00000411130 106 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 LINC01701-201ENST00000419614 451 ntTSL 2 BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC017074.1-201ENST00000424612 561 ntTSL 3 BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RPL23AP1-201ENST00000428990 471 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 COX6B1P7-201ENST00000430845 235 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MTCO1P5-201ENST00000433573 344 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC091390.1-201ENST00000433904 331 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 Z82210.1-201ENST00000440037 231 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC096638.1-201ENST00000444678 216 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 TEX41-209ENST00000451478 452 ntTSL 2 BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 SNORD108-201ENST00000459332 71 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RPL26P26-201ENST00000480251 434 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AL132838.2-201ENST00000492041 314 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AL033397.2-201ENST00000508884 547 ntTSL 2 BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC011396.2-202ENST00000511390 375 ntTSL 3 BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RN7SKP46-201ENST00000515942 234 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU7-200P-201ENST00000516105 62 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RN7SKP49-201ENST00000516675 260 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AP004607.1-201ENST00000524456 203 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC022081.1-201ENST00000537327 433 ntTSL 2 BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 LINC01195-201ENST00000570118 451 ntTSL 3 BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 CYCSP40-201ENST00000575927 294 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MIR5695-201ENST00000579717 85 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MIR4423-201ENST00000580922 80 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MIR4715-201ENST00000584117 79 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 KCNQ1OT1_5.1-201ENST00000621902 226 ntBASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RMDN2-AS1-204ENST00000626669 448 ntTSL 5 BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 PATJ-213ENST00000613764 4172 ntTSL 5 BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 WDR49-207ENST00000479765 2108 ntTSL 2 BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 LIX1-201ENST00000274382 4026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 SCOC-203ENST00000394203 1999 ntTSL 2 BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 EPHA7-202ENST00000369303 6588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.93□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC022893.2-201ENST00000564832 3296 ntBASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 LINC00276-202ENST00000418420 3503 ntTSL 1 (best) BASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 CUL3-203ENST00000409096 2701 ntTSL 1 (best) BASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 GABRA1-220ENST00000638159 4088 ntTSL 5 BASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 Y_RNA.233-201ENST00000364407 101 ntBASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-898P-201ENST00000365627 104 ntBASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 CRP-203ENST00000368111 512 ntTSL 3 BASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNY1P5-201ENST00000383890 115 ntBASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-20P-201ENST00000384106 107 ntBASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-804P-201ENST00000384286 107 ntBASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU1-82P-201ENST00000390851 165 ntBASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 LINC01048-201ENST00000414480 511 ntTSL 2 BASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AL162386.2-201ENST00000442428 457 ntTSL 3 BASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 GHRL-209ENST00000446937 217 ntTSL 1 (best) BASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC135371.1-201ENST00000446964 453 ntTSL 2 BASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC117440.1-201ENST00000474107 571 ntBASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AP001025.1-201ENST00000486139 332 ntBASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 ARHGEF3-AS1-202ENST00000495939 336 ntTSL 3 BASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-703P-201ENST00000516946 107 ntBASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 ASB8-204ENST00000536071 568 ntTSL 4 BASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC020895.1-201ENST00000595362 272 ntBASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC104465.1-201ENST00000611365 139 ntBASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC083809.1-201ENST00000615051 472 ntBASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MIR8069-1-201ENST00000616627 86 ntBASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MIR8069-2-201ENST00000621412 86 ntBASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 LINC01002-215ENST00000632203 314 ntTSL 5 BASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 CSPP1-203ENST00000519668 3715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 FAM111B-206ENST00000620384 3405 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 ITCH-207ENST00000535650 2940 ntTSL 2 BASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 ZKSCAN8-201ENST00000330236 7376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.92□□□□□ -1.62
USP4Q13107 PLS3-209ENST00000539310 3037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 C9orf72-203ENST00000380003 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 PPP1R9A-201ENST00000289495 3983 ntTSL 1 (best) BASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 LINC01684-201ENST00000415182 2176 ntTSL 1 (best) BASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 TM4SF1-202ENST00000472441 3115 ntTSL 2 BASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-923P-201ENST00000364753 107 ntBASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 Y_RNA.383-201ENST00000383855 97 ntBASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-658P-201ENST00000384606 106 ntBASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-918P-201ENST00000391219 106 ntBASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 LGALS16-201ENST00000392051 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AL359706.1-201ENST00000437748 315 ntTSL 3 BASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AL121580.1-201ENST00000449941 219 ntTSL 3 BASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC079168.2-201ENST00000453977 416 ntBASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MTND5P41-201ENST00000517498 206 ntBASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MRPS18CP4-201ENST00000535821 231 ntBASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC093249.4-201ENST00000564755 259 ntBASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MIR3144-201ENST00000579460 79 ntBASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AL683887.1-201ENST00000603401 287 ntTSL 3 BASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MIR6758-201ENST00000620653 63 ntBASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC008725.1-201ENST00000605123 2263 ntBASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 CACNB4-273ENST00000638091 4061 ntTSL 5 BASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 UBR1-201ENST00000290650 7761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 ADCY10-202ENST00000367851 5051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 CHL1-216ENST00000620033 7311 ntTSL 1 (best) BASIC4.91□□□□□ -1.62
USP4Q13107 PRG4-202ENST00000367483 4921 ntTSL 5 BASIC4.9□□□□□ -1.62
USP4Q13107 C8orf34-202ENST00000337103 3652 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.9□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RAP1GDS1-205ENST00000408927 3681 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC4.9□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MAPK10-303ENST00000641324 3959 ntBASIC4.9□□□□□ -1.62
USP4Q13107 IPO5-201ENST00000261574 6003 ntTSL 1 (best) BASIC4.9□□□□□ -1.62
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