Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 TPTE2-204ENST00000400103 1652 ntTSL 5 BASIC4.96□□□□□ -1.61
USP4Q13107 PCDH15-212ENST00000395442 2970 ntTSL 5 BASIC4.96□□□□□ -1.61
USP4Q13107 TES-202ENST00000393481 2763 ntTSL 1 (best) BASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC135776.4-201ENST00000624300 1904 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-626P-201ENST00000363354 107 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNA5SP28-201ENST00000363841 119 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 SNORA62-201ENST00000365493 153 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-1181P-201ENST00000384191 106 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-541P-201ENST00000384709 110 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6ATAC15P-201ENST00000408279 121 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 EIF1AXP1-201ENST00000419267 435 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 UTS2B-203ENST00000427544 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AL132875.2-201ENST00000436418 325 ntTSL 5 BASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC243964.1-201ENST00000441814 261 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC009237.8-201ENST00000445492 379 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC013727.2-201ENST00000447761 545 ntTSL 4 BASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 SSXP4-201ENST00000451349 245 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RPL23AP81-201ENST00000455252 467 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RN7SL558P-201ENST00000497468 299 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 BTF3L4P4-201ENST00000506381 449 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC091874.1-201ENST00000511402 339 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNA5SP249-201ENST00000516127 99 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU1-6P-201ENST00000516290 144 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC087341.1-201ENST00000521490 491 ntTSL 2 BASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC002428.2-201ENST00000522973 414 ntTSL 3 BASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 CYCSP39-201ENST00000565821 309 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AL078605.1-201ENST00000603529 500 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AL590240.4-201ENST00000616908 390 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC008785.1-201ENST00000624475 456 ntBASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 LARP4-202ENST00000347328 3621 ntTSL 1 (best) BASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MS4A14-201ENST00000300187 2997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 FAM197Y9-201ENST00000451062 2332 ntTSL 5 BASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AJ009632.2-204ENST00000635621 1401 ntTSL 5 BASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 DDX20-202ENST00000475700 4332 ntTSL 2 BASIC4.96□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RACGAP1-202ENST00000427314 3229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 CARF-203ENST00000414439 2099 ntTSL 2 BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MRE11-202ENST00000323977 2588 ntTSL 1 (best) BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 PAPOLA-202ENST00000392990 2588 ntTSL 5 BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 PTPN13-201ENST00000316707 7546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 ELAVL2-202ENST00000380110 3691 ntTSL 5 BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 Y_RNA.275-201ENST00000364726 110 ntBASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MIR129-1-201ENST00000384972 72 ntBASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MIR613-201ENST00000385248 95 ntBASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC104462.2-201ENST00000418402 271 ntTSL 3 BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 WARS2P1-201ENST00000429678 537 ntBASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AL392046.1-203ENST00000450106 651 ntTSL 2 BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC006026.2-201ENST00000457376 180 ntBASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 snoU13.1-201ENST00000459157 104 ntBASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC073901.1-201ENST00000462471 408 ntBASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RPL21P104-201ENST00000464143 478 ntBASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC091021.1-201ENST00000468051 388 ntBASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC092747.1-202ENST00000540595 380 ntTSL 5 BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AK6P2-201ENST00000549020 471 ntBASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 LINC00933-203ENST00000559812 219 ntBASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 H3F3AP1-201ENST00000559984 334 ntBASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 SNORA74C-1-201ENST00000580726 201 ntBASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC011921.3-201ENST00000605540 361 ntBASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 LINC01206-214ENST00000610910 456 ntTSL 5 BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 GHR-208ENST00000612382 4699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AL138686.1-201ENST00000612699 315 ntTSL 3 BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 POU2F1-212ENST00000541643 13937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 HGF-201ENST00000222390 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 EEF1A1-211ENST00000615060 3508 ntTSL 5 BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 ZNF445-201ENST00000396077 18299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 SPEF2-216ENST00000637569 7350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AL353743.1-202ENST00000431724 1695 ntBASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 SLC25A17-202ENST00000402844 2405 ntTSL 2 BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 PLCB4-204ENST00000378501 5833 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 C2CD6-204ENST00000450242 2571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.95□□□□□ -1.62
USP4Q13107 WDR7-201ENST00000254442 14083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 ZNF534-204ENST00000433050 2047 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 CTSS-201ENST00000368985 4107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC004803.1-201ENST00000503602 3207 ntTSL 1 (best) BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 FSBP-203ENST00000611249 2181 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 ZNF468-203ENST00000595646 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 CCDC178-204ENST00000403303 3354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 TMEM255A-202ENST00000371352 2879 ntTSL 2 BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 SPINK1-201ENST00000296695 542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 Y_RNA.418-201ENST00000384029 102 ntBASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 SNORA29-201ENST00000384183 140 ntBASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-514P-201ENST00000384208 107 ntBASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNA5SP397-201ENST00000391323 118 ntBASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC118345.1-201ENST00000411785 366 ntTSL 3 BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 Y_RNA.638-201ENST00000459374 113 ntBASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RN7SL385P-201ENST00000468873 276 ntBASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-1183P-201ENST00000517054 60 ntBASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 RNU6-709P-201ENST00000517257 104 ntBASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AP003400.1-201ENST00000528319 231 ntTSL 5 BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC007347.1-201ENST00000563879 281 ntTSL 3 BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 MIR4282-201ENST00000583613 67 ntBASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC093227.3-202ENST00000586606 704 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC008749.1-201ENST00000597650 306 ntBASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 U6.106-201ENST00000636360 105 ntBASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 Clostridiales-1.2-201ENST00000636724 160 ntBASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 KIF2A-205ENST00000506857 2219 ntTSL 2 BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 SCN11A-203ENST00000456224 5262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 ZFRP1-201ENST00000457579 2970 ntBASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 CP-201ENST00000264613 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 FUT9-201ENST00000302103 12783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.94□□□□□ -1.62
USP4Q13107 AC008568.2-201ENST00000623862 2313 ntBASIC4.94□□□□□ -1.62
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