Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 KIF13B-206ENST00000524189 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 CAPS-201ENST00000452990 1789 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC54Q8NEL0 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms