Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms