Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SMARCA1P28370 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 MRPL53-202ENST00000409710 386 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
SMARCA1P28370 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms