Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXD4P09016 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms