Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL3A1P02461 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms