Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
VPS54Q9P1Q0 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS54Q9P1Q0 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms