Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRERF1Q96PN7 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ANKRD18DP-204ENST00000455355 1975 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRERF1Q96PN7 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms