Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 GPRIN2-201ENST00000374314 1696 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC43Q96MW1 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms