Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPUSD4Q96CM3 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.4 ms