Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC28.84■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
TCOF1Q13428 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
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TCOF1Q13428 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
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TCOF1Q13428 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
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