Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
HOXD9P28356 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.78
HOXD9P28356 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
HOXD9P28356 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
HOXD9P28356 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms