Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 NAT6-201ENST00000354862 1330 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 SYTL1-201ENST00000318074 1900 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC43Q96MW1 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms