Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
NPHP3Q7Z494 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 C1orf210-202ENST00000523677 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 SPON2-203ENST00000431380 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
NPHP3Q7Z494 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms