Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP54Q70EL1 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms