Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
CUX1P39880 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
CUX1P39880 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC32.15■■■□□ 2.74
CUX1P39880 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC32.15■■■□□ 2.74
CUX1P39880 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC32.15■■■□□ 2.74
CUX1P39880 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
CUX1P39880 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
CUX1P39880 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
CUX1P39880 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
CUX1P39880 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC32.14■■■□□ 2.74
CUX1P39880 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC32.14■■■□□ 2.74
CUX1P39880 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC32.14■■■□□ 2.74
CUX1P39880 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
CUX1P39880 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC32.14■■■□□ 2.74
CUX1P39880 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC32.14■■■□□ 2.74
CUX1P39880 AL136038.4-201ENST00000603606 1261 ntBASIC32.14■■■□□ 2.74
CUX1P39880 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
CUX1P39880 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
CUX1P39880 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC32.13■■■□□ 2.73
CUX1P39880 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
CUX1P39880 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC32.13■■■□□ 2.73
CUX1P39880 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC32.13■■■□□ 2.73
CUX1P39880 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC32.13■■■□□ 2.73
CUX1P39880 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
CUX1P39880 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC32.13■■■□□ 2.73
CUX1P39880 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC32.13■■■□□ 2.73
CUX1P39880 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
CUX1P39880 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
CUX1P39880 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
CUX1P39880 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
CUX1P39880 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC32.12■■■□□ 2.73
CUX1P39880 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
CUX1P39880 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
CUX1P39880 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
CUX1P39880 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
CUX1P39880 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC32.12■■■□□ 2.73
CUX1P39880 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC32.12■■■□□ 2.73
CUX1P39880 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC32.12■■■□□ 2.73
CUX1P39880 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
CUX1P39880 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC32.12■■■□□ 2.73
CUX1P39880 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
CUX1P39880 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
CUX1P39880 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC32.11■■■□□ 2.73
CUX1P39880 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
CUX1P39880 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC32.11■■■□□ 2.73
CUX1P39880 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
CUX1P39880 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
CUX1P39880 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
CUX1P39880 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
CUX1P39880 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
CUX1P39880 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
CUX1P39880 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CUX1P39880 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CUX1P39880 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CUX1P39880 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CUX1P39880 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CUX1P39880 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CUX1P39880 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.09■■■□□ 2.73
CUX1P39880 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CUX1P39880 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CUX1P39880 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CUX1P39880 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CUX1P39880 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
CUX1P39880 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.08■■■□□ 2.73
CUX1P39880 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC32.08■■■□□ 2.73
CUX1P39880 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CUX1P39880 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CUX1P39880 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CUX1P39880 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CUX1P39880 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CUX1P39880 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CUX1P39880 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CUX1P39880 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC32.07■■■□□ 2.72
CUX1P39880 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CUX1P39880 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CUX1P39880 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CUX1P39880 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CUX1P39880 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CUX1P39880 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms