Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.25■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC33.24■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC33.21■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC33.21■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC33.21■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC33.21■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.2■■■□□ 2.91
CCDC88BA6NC98 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC88BA6NC98 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC33.18■■■□□ 2.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms