Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP4Q13107 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP4Q13107 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP4Q13107 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP4Q13107 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP4Q13107 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP4Q13107 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
USP4Q13107 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP4Q13107 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP4Q13107 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
USP4Q13107 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP4Q13107 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP4Q13107 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP4Q13107 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP4Q13107 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP4Q13107 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
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USP4Q13107 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP4Q13107 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP4Q13107 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP4Q13107 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP4Q13107 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP4Q13107 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
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USP4Q13107 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
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USP4Q13107 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
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USP4Q13107 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP4Q13107 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
USP4Q13107 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
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