Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
COL6A1P12109 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
COL6A1P12109 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms