Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
ZNF541Q9H0D2 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 GTF3C5-201ENST00000342018 1905 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
ZNF541Q9H0D2 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms