Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CHMP4AQ9BY43 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 HIST1H2APS4-201ENST00000362070 348 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CHMP4AQ9BY43 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms