Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCDC3Q9BQI4 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
CCDC3Q9BQI4 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms