Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 DUT-201ENST00000331200 2147 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPUSD4Q96CM3 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms