Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN9AQ15858 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
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