Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXC9P31274 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 ZNF821-221ENST00000611294 1833 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXC9P31274 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms